Заметки

Как отследить приложения, которые приводят к внезапному ворчанию винтов по ночам, не дают жёсткому диску уйти в спящий режим или регулярно будят его.

iotop

Если ввод-вывод активный и идёт прямо сейчас, достаточно просто посмотреть на sudo iotop -o
Если ввод-вывод идёт небольшими порциями, то используем: sudo iotop -bktoqqq -d .5
Пояснение: -b - пакетный режим вывода, -k - килобайты, -t - показывать время, -o - показывать только потоки, которые занимаются вводом-выводом, -qqq - отключить заголовки, -d 0.5 - период обновления в секундах.
Поймав, какой процесс занимается работой с диском, можно посмотреть на его открытые файлы: lsof -p $PID (замените $PID на номер интересующего процесса).

fatrace

Это намного более удобный способ для отслеживания редких операций (программа есть в репозитории Убунты). Сразу печатает кто, в какой файл лазит и какой доступ (чтение или запись).
cd /mnt/каталог_куда_смонтирован_винт
sudo fatrace -c -t

P.S. Типичные злодеи - индексаторы файловой системы, их можно выпилить так: sudo apt remove locate mlocate plocate. См. askubuntu. Также постоянным желанием писать на диск страдает Yandex.Disk - демона синхронизации можно гасить, когда он не нужен.