Прогуглил кучу времени, чтобы ответить на этот вопрос, пока не подобрал правильные слова. Оказалось - гениально просто. Достаточно отредактировать файл Plist.info в бандле. Прочитать про это можно тут: Document-Based Applications, или просто заглянув с помощью mc в /Applications и почитав чужие инфо-файлы. Как только пакет "засвечивается" в системе, ассоциирование файлов происходит автоматически!!!!!!1111
Нюанс: открытие проассоциированных файлов происходит не через запуск программы с параметром командной строки, а с помощью системного события. Вот как его поймать в программе на Qt:
http://doc.trolltech.com/qq/qq18-macfeatures.html#newevents