0. Качаем, распаковываем, make, копируем бинарник куда надо.
1. Декодим APE в WAV обычным консольным декодером (mac).
2. Правим в CUE имя файла на .wav.
3. cueblowup filename.cue
На выходе получаем кучу вавок, которые пережимаем правильным енкодером, например, Флаком.
Доработки, чтобы само потом сжимало и прописывало теги, и др. - засылайте.